در راستای تحقق منویات مقام عظمای ولایت، فرماندهی کل قوا و با توجه به مأموریت‌های محول شده از سوی هیئت دولت و ستاد کل نیروهای مسلح و به منظور برنامه‌ریزی منسجم و یکپارچه در امور آموزشی، پژوهشی و اشاعه‌ی فرهنگ علمی و عملی پدافند غیرعامل، دانشگاه صنعتی مالک اشتر با حمایت سازمان پدافند غیر عامل کشور در سال 83 اقدام به تأسیس پژوهشکده مهندسی پدافند غیرعامل کرد.

در سال 87 با پیوستن طرح فراسازمانی پدافند غیر عامل مرتبط با موسسه­‌ی آموزشی و تحقیقاتی صنایع دفاعی به دانشگاه صنعتی مالک اشتر، ساختار سازمانی پژوهشکده­ی مهندسی پدافند غیرعامل توسعه یافته و مجتمع دانشگاهی آمایش و پدافند غیرعامل منطبق با الگوی واحدهای دانشگاهی کشور و مراکز آموزشی تحقیقاتی نیروهای مسلح به منظور توانمندسازی علمی و فنی در جهت تحقق اهداف و مأموریت های وزارت دفاع و نیروهای مسلح در برقراری نظام پدافندغیرعامل در مراکز حساس، حیاتی و مهم کشور و به منظور ایجاد توان مقابله با حوادث و سوانح و فراهم نمودن زمینه مناسب تولید و بروز رسانی اطلاعات مکانی و جغرافیایی به منظور آمایش دفاعی کشور و ارتقای توان بازدارندگی در قبال هرگونه تهدید تشکیل شد.

با تغییر جامع ساختار دانشگاه در سال 97 نام این مجموعه با حذف کلمه «آمایش» به «مجتمع دانشگاهی پدافند غیرعامل» تغییر یافت و هم اکنون با ترکیب جدیدی از مراکز آموزشی و پژوهشی به فعالیت خود ادامه می‌دهد.